東ローマ諸公国のうち最も活動的であったニカイア帝国は、多くの建築を建立したが、そのほとんどは現在には残っておらず、確実なことは言えない。
ニカイア帝国と勢力を競ったエピロス専制侯国は、王室の活発な建築活動が認められ、洗練された建築物とは言えないものの、礼拝堂建築が数多く残る。アルタにはエピロス建築の傑作とされるパリゴリティサ聖堂があり、その近郊にはカト・パナギア聖堂（1231年）やブラケルネ修道院、トリカラにはポルタ・パナギア聖堂（1283年）がある。エピロス王室はシチリア島のホーエンシュタウフェン家やヴィルアルドゥアン家との婚姻関係があり、これらの建築には西欧風の特色が認められる。このため、エピロスの建築は革新的なものが多いが、ニカイア帝国との争いに破れ、消滅してしまったために、その建築が最末期のビザンティン建築に継承されることはなかった。
トレビゾンド帝国には、首都トレビゾンドに皇帝マヌエル1世によって建設されたハギア・ソフィア修道院のカトリコンが現存している。グルジア王国の影響をうけた平面構成が認められるが、グルジア王国とルーム・セルジューク朝に挟まれたこの帝国のその他の建築活動については、あまり研究されていない。
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1261年のニカイア帝国によるコンスタンティノポリス奪回後、コンスタンティノポリスではビザンティン文化の最後の華が開花した。いわゆる「パレオロゴス朝ルネサンス」である。しかし、この時期に建設された教会堂は、中期ビザンティン建築の伝統を墨守したものであって、他の文化活動にみられるような初期ビザンティンの、ましてや古代ローマの伝統を復興させるようなものではなかった[29]。コンスタンティノポリスでの建築活動は1261年から1330年頃までのわずかな期に認められるのみで、以後は完全に停滞した。
ミカエル8世の皇妃テオドラの開設したコンスタンティノス・リプス修道院南聖堂は1280年代の建立と思われ、既存の北聖堂を拡張するように建設された円蓋式バシリカに近い聖堂である。1310年に着工されたパナギア・パンマカリストス修道院付属礼拝堂は4円柱式の教会堂で、外観はほとんど立方体に近く、バルカン半島で認められる模様積みなどは認められない。これらの聖堂は、ほとんどが単純な矩形面であり、外部のデザインを優先してドームを多くかつ高く設計しているため、内部空間には広がりがなく、井戸の底にいるかのような印象をうける。そして、恐らく他のよく残存している教会堂と同じく、内部は説話に基づく絵画で覆われていた。
1316年に起工したコーラ修道院は、政治家テオドロス・メトキテスによって既存の教会堂を改築したものである。建築的に見るべきものは何もないが、内部のフレスコ画は末期ビザンティン美術の傑作と言われている。コーラ修道院に代表されるパレオロゴス朝の壁画では、写実性の向上と、初歩的ではあるものの遠近法の発達が認められ、これが後に西欧のルネサンスにつながるとされる由縁となっている。
パレオロゴス朝の皇子達が封じられたモレアス専制公領の首府が置かれ、ペロポネソス半島を実効支配したミストラ城塞都市は、現在では完全な廃墟であるが、末期ビザンティンの都市景観を最もよく遺している。ミストラの宮廷は周囲のフランク諸公国との婚姻関係もあったので、宮殿建築には西欧風の要素が認められる。ミストラ宮殿は1250年頃から1350年頃、1400年頃、1460年頃の3期にわたって建設され、その構造体には尖頭アーチの窓、リブ・ヴォールトといったゴシック建築の要素が散見する。宮殿の内部装飾が残っていないため明確ではないが、全体としてはビザンティン建築の伝統ではなく、西欧の宮殿建築の影響の方がむしろ強い。
末期東ローマ帝国時代に建設された修道院としては、聖アタナシオスの創建したメテオラがある。最も古いイパパンティ修道院は1366年に建設され、1388年にはメテオラ最大となるメガロ・メテオロン（メタモルフォシス修道院）が建立された。東ローマ帝国滅亡（1453年）後も、14世紀から18世紀にかけて、さらに5つの修道院が建設されている。